Бактеріологічна лабораторія проводить специфічний вид досліджень біологічного матеріалу ока, яким є мазок слизової кон’юнктиви, виділення з ока, біоптат, контактна лінза.
Склад мікроорганізмів в значній частині представлений бактеріями:

Staphylococcus species: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus;
Streptococcus species: Streptococcus pneumoniae;
Pseudomonas species : Pseudomonas aeruginosa;
Родиною Enterobacteriaceae, яка влючає Escherichia spp., Klebsiella spp., Serratia spp. та інші.

Грибками: Achromobacter xylosoxidans, Stenotrophomonas maltophilia,
Nocardia spp., Fusarium spp., Aspergillus spp., Bipolaris spp., Candida spp

Також проводиться мікроскопічне виявлення Acanthamoebа та Microsporidium.